Công ty Yamato Holdings Co., Ltd. chuyên quản lý các công ty thành viên và công ty con của tập đoàn. Trụ sở chính của công ty đặt tại Chuo-Ku, Tokyo-To và hiện đang sử dụng 177.430 nhân viên toàn thời gian. Công ty hoạt động thông qua ba phân khúc kinh doanh. Phân khúc Bán lẻ cung cấp dịch vụ giao hàng tận nhà cho khách hàng cá nhân và các doanh nghiệp vừa và nhỏ. Phân khúc Doanh nghiệp chuyên cung cấp các dịch vụ vận chuyển cho khách hàng doanh nghiệp lớn, lập kế hoạch và vận hành các trung tâm phân phối, thông quan, và dịch vụ đại lý giao nhận hàng hóa bằng đường hàng không. Phân khúc Khác chuyên phát triển hệ thống công nghệ thông tin (IT), vận hành và quản lý, bảo trì xe hơi, bán nhiên liệu, đại lý bảo hiểm phi nhân thọ và vận chuyển hàng hóa bằng xe tải. Công ty cũng phát triển các hệ thống thông tin và cung cấp dịch vụ quản lý đội xe cho các nhà vận chuyển.