Ecopetrol SA, ham petrol ve doğal gazın keşfi, geliştirilmesi ve üretimiyle ilgilenir. Şirket, Kolombiya, Peru, Brezilya ve Amerika Birleşik Devletleri'nin Körfez Sahili'nde faaliyet gösterir. Şirketin faaliyet alanları Keşif ve Üretim, Taşımacılık ve Lojistik ile Rafinaj, Petrokimya ve Biyoyakıtlar'dan oluşur. Keşif ve Üretim bölümü, Kolombiya'da ve yurt dışında gerçekleştirilen keşif, geliştirme ve üretim faaliyetlerini kapsar. Taşımacılık ve Lojistik bölümü ise ham petrol, motor yakıtları, fuel-oil ve dizel ile biyoyakıtlar dahil diğer rafine ürünlerin taşınmasını içerir. Şirketin ana ham petrol boru hattı sistemlerinin işletme kapasitesi yaklaşık 1,34 milyon varil/gün (BPD)'dür. Şirketin ana rafinerileri doğrudan sahip olduğu ve işlettiği Barrancabermeja rafinerisi ile şirketin yan kuruluşu olan Reficar S.A. tarafından işletilen Cartagena Serbest Bölgesi'ndeki rafineridir. Şirket ayrıca Orito ve Apiay olmak üzere iki küçük rafineriyi daha kendi bünyesinde işletmektedir.